早在1904年蔡元培在上海参与暗杀团工作时，与陈独秀就有过一面之雅，记得这位独力支撑着《安徽俗话报》的年轻人，但对他近年的活动，则不甚了了。蔡元培在国外也没有看过《新青年》，听了人们的郑重推介后，找来《新青年》杂志翻阅，颇有共鸣，决定请陈独秀担任北大文科学长。当时陈独秀就在北京。
由于亚东的经营状况一直未有起色，汪孟邹日坐愁城，连陈独秀这个书生，也不得不下海蹚浑水了。他的北京之行，主要是为了促成亚东图书馆与群益书社的合并。合并后成立一个规模较大的书局，庶可与其他大出版商一争长短。其实也是为《新青年》开辟一条活路，亚东、群益一天不告别“苟延”之局，《新青年》就一天不能摆脱“残喘”之苦。陈独秀与汪孟邹一起，仆仆风尘，到北京为书局招股。
其时陈独秀住在前门西河沿中西旅馆。北大校长任命发表的当天，蔡元培冒着严寒到旅馆登门拜访。“这很像‘三顾茅庐’哩！”与陈独秀同住的汪孟邹说，“蔡先生差不多天天要来看仲甫。有时来得很早，我们还没有起来。他招呼茶房，不要叫醒，只要拿凳子给他坐在房门口等候。”
请陈独秀当文科学长，本来不是蔡元培的意思，是别人推荐的结果，究竟陈独秀在教育上有什么主张，令蔡元培觉得非他不可呢？
1915年，陈独秀针对当时中国教育的弊病，曾公开宣示他的四大教育方针：一、现实主义(注重现实生活);二、唯民主义(民为邦本的民权主义);三、职业主义(从事实际的社会生产活动);四、兽性主义(体魄与意志的锻炼)。
在就任北大文科学长之后，陈独秀也曾与友人就教育方针交换过意见，他说：“吾国今日教育界之现象，上焉者为盲目的国粹主义，下焉者科举之变相耳，此先生所谓伪教育也。现代西洋之真教育，乃自动的而非他动的;乃启发的而非灌输的;乃实用的而非虚文的;乃社会的而非私人的;乃直视的而非幻想的;乃世俗的而非神圣的;乃全身的而非单独脑部的;乃推理的而非记忆的;乃科学的而非历史的。东洋式之伪教育，胥反乎此，欲求竞进，乌可得哉！”
这与蔡元培在民元鼓吹的“五育并举”(军国民主义教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育及美感教育)，不谋而合，蔡氏本来就爱惜人才，既已当面，焉忍错过？于是便三顾、四顾茅庐，要请陈独秀出山了。
但陈独秀觉得自己既无学位，又无大学教学经验，对教书兴趣也不大，还是想回上海办《新青年》，他再三推辞，并荐胡适以代。
蔡元培说：“你把《新青年》杂志搬到北京来办吧。”同时也非常欢迎胡适回国，北大的哲学、文学教授，俱乏上选，亟盼胡适能回来挑大梁。陈独秀没办法再推了，只好答应，约定以三个月为期，如胜任继续干下去，如不胜任就回上海。
蔡元培大喜，立即以北京大学名义，致函教育部，请派陈独秀为北京大学文科学长，随函附陈独秀履历一纸。这份冠冕堂皇的履历，称陈独秀“日本东京日本大学毕业，曾任芜湖安徽公学教务长、安徽高等学校校长”，实乃全属虚构。蔡元培为了让教育部顺利批准，不惜替陈独秀伪造履历。
后来有人批评蔡元培这样做“违背现代文明社会程序正义优先的原则”，却忘记了蔡元培是个安那其主义者，痛恨国家制度，组织过暗杀团、御侮会，杀人放火都敢做敢当。他的校长办公室里，不仅有文房四宝，而且陈列着炸弹，区区造个假履历算得了什么。
北大学生罗章龙回忆：“陈先生担任北大文科学长，是蔡先生出长北大后发出的第一号校长室通知的。消息传出，全校震动。青年学生无不热烈欢迎，奔走相告，而教师中的遗老遗少则窃窃私议，啧有烦言。”按罗氏说法，仿佛陈独秀在北大学生中，是一颗万众期待的明星，其实，那时的北大，从上面几位亲历者的描述可知，简直是一个污水潭。“窃窃私议，啧有烦言”有之，“无不热烈欢迎”则未必。
蔡元培亲自出来回答那些质疑：“仲甫先生精通训诂音韵，学有专长，过去连太炎先生也把他视为畏友。”陈独秀在清末民初曾发表过《说文引申义考》、《字义类例》、《荀子韵表及考释》、《连语类编》等著述。这才把质疑者的嘴巴给堵住了。
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