提起蔡元培，人们首先想到他是北大校长，是毛泽东所赞誉的“学界泰斗，人世楷模”，是他在北大提出的“思想自由，兼容并包”的办学方针。不过，在巨大的光环下，很多人不知道他还有一个鲜为人知的身份——刺客。
清朝末年，由于清政府的腐败无能、丧权辱国，各地爱国志士纷纷组织爱国团体进行革命活动。1902年4月，由蔡元培、叶瀚、蒋智由等发起，在上海成立中国教育会，该会“以教育中国男女青年开发其知识而增进其国家观念，以为他日恢复国权之基础为目的”。1902年暑期，留日学生因要求学陆军，遭到清政府反对，留日学生被日本警察强行遣送回国。国内外志士非常愤慨，教育会就准备自办学校，培养人才。同年11月，南洋公学100余名退学学生办爱国学社，得到教育会的资助。这一年的冬天，教育会又兴办爱国女学。
中国教育会每周率领爱国学社社员至张园开会演说，宣传革命，听众有1000余人，震动东南各省。教育会还组织学生义勇队，进行军事训练;在所办的学校设物理、化学课，研制炸药，以便准备暴动。中国教育会遂由新学界的中心转变为江浙一带宣传革命的中心，也是各地革命者秘密接头的机关。
1904年上半年，在和黄兴领导华兴会的同时，以杨笃生为首的东京留日学生军国民教育会秘密成立了“暗杀团”，打算从暗杀下手，行刺清廷的实际掌权人慈禧太后。暗杀团成员何海樵回上海活动，介绍蔡元培入团。蔡元培认为，暗杀需要自制方便、秘密、快速而且容易伪装隐蔽的武器，他决心研制化学毒药。要研制化学毒药就需要有懂化学的人，他马上又将爱国女校的化学教师钟宪鬯、俞子夷吸收入暗杀团。在加入暗杀团时，举行了类似会党的“歃血为盟”的庄严仪式。据蔡元培叙述：“开会时，设黄帝位，写誓言若干纸，如人数，各签名每纸上，宰一鸡沥血于纸，跪而宣誓，并和鸡血于酒而饮之。其誓言则每人各藏一纸。乃教授制炸药法，若干日而毕。”
俞子夷配制出氰酸，蔡元培弄来一只猫，强迫灌下几滴，猫即中毒而死。后来蔡元培又认为液体毒药使用还不太方便，易被人发觉，如能改成固体粉末更好，于是急去书店买了一批药物学、生药学和法医学书籍，亲自领导研究。
不久，蔡元培觉得还是用炸药更好一些，随即转向研究炸药。他带领研制小组日夜攻关，终于自制出了一种体积小、威力大的炸药。另外，蔡元培认为女子去实行暗杀比男子更隐蔽些，因而他在爱国女校特别注重化学课的讲授，以便培养暗杀种子。
1904年10月下旬，华兴会的黄兴计划在慈禧太后生日之际，在长沙发动起义，因计划泄密，起义失败。黄兴等逃到上海，同杨笃生、陈天华、张继等人策划再次起义。11月19日，万福华在上海行刺前广西巡抚失败，被捕入狱。次日，章士钊到监狱探望，暴露了目标，暗杀团的秘密驻地上海余庆里被查抄，黄兴、张继等十余人被捕，于是上海的一些革命志士包括蔡元培只好暂时躲藏起来，上海的暗杀活动告一个段落。蔡元培短暂的刺客经历也告结束。
1884年，17岁的蔡元培考取秀才;1889年，中举人;1890年，蔡元培23岁时，进京会试得中成为贡士，未殿试;1892年，蔡元培25岁时，经殿试进士及第，被点为翰林院庶吉士;1894年，光绪甲午二十年蔡元培27岁时，春应散馆试，得授职翰林院编修。这样一个朝廷自己培养出来的知识分子怎么会变成针对朝廷的“穷凶极恶”的刺客杀手呢？要知道，他从小接受的就是忠君报效朝廷的思想教育。
清朝末年，内忧外患。以谭嗣同为代表的有识之士希望朝廷自身通过和平的改良手段(类似于日本的明治维新)走向富国强兵。人民曾寄希望于有光绪皇帝支持的戊戌变法能够改变封建专制体制，实现君主立宪。但由于变法触动了以慈禧为代表的保守派的利益，1898年的百日维新换来的只是戊戌六君子的六颗血淋淋的头颅。有识之士对朝廷抱有的一线希望彻底破灭，于是通过暴力推翻清廷逐渐成为社会的共识和行动，而暗杀只不过是革命力量弱小时不得不选择的暴力手段之一。它与大规模的武装起义相辅相成，互相补充。
蔡元培非常敬佩谭嗣同，谭嗣同因为变法而杀身成仁，这极大地打击了蔡元培对清廷的信任。他已经意识到，爱国与忠君不能混同，忠于腐败的朝廷等于祸国殃民。当他看到所忠之君所爱之朝廷已经无可救药的时候，他选择了革命，并毅然加入到反对朝廷的革命队伍里。不管是什么手段，只要于推翻朝廷有帮助，就毫不犹豫地接受和参与，当刺客已无关名节，搞暗杀再不是羞耻。
其实，和蔡元培有同样思想和行动的人不是一个两个，而是一群人，一代人。他们也都不是普通的草莽英雄，而是朝廷培养出来的知识分子。孙中山、黄兴、章太炎、汪精卫、徐锡鳞、秋瑾、仇鳌、陈其美、陈炯明……几乎囊括了中国近现代史上的大多数名人。共产党的创始人陈独秀也参与了蔡元培的暗杀活动。陈独秀在《蔡孑民先生逝世后感言》中回忆：“我初次和蔡先生共事，是在清朝光绪末年。那时杨笃生、何海樵、章行严等在上海发起一个学习炸药以图暗杀的组织。行严写信招我，我由安徽一到上海，便加入了这个组织。住上海月余，天天从杨笃生、钟宪鬯试验炸药。这时孑民先生也常常来试验室练习，聚谈。”
中国历史上的知识分子向来是以文弱书生的面目出现，手无缚鸡之力，自怨自艾。但是，到清朝末年，中国先进的知识分子开始发威了。他们组织了几十个暗杀团体，制造了许多针对清廷高官的暗杀事件。比较著名的有：
1905年，吴越身绑炸弹，混上火车，要炸出国考察的“五大臣”。由于炸弹不慎提前爆炸，吴越英勇牺牲。孙中山称赞他“浩气长存”。
1907年7月，徐锡麟在安庆巡警学堂毕业典礼上，毅然拔枪，连发七弹，射杀巡抚恩铭。次日，徐锡麟被斩首剖心。孙中山题赞：“丹心一点祭余肉，白骨三年死后香”。
1910年，汪精卫刺杀摄政王载沣，他和几个革命同志一起在摄政王经过之处埋下了一个能装四五十斤炸药的大桶。炸药被清兵发现，但是由于清廷打算表现宽宏大量，这起未遂谋杀案被宽大处理：汪精卫被判处无期徒刑，很快民国成立，他也光荣出狱。倘若他死在这场刺杀案中，他将成为烈士，而不是一个汉奸。
蔡元培等人暗杀的对象都是清廷的高官，与梁山好汉杀贪官好像没有什么区别。但梁山好汉只反贪官不反朝廷，杀人只不过是在现有体制内对用法律解决不了问题的极端反应，有许多杀戮还属于个人恩怨。而蔡元培等革命党人的暗杀不是针对个体，而是针对旧制度和旧制度的维护者，没有个人恩怨，甚至还“恩将仇报”。徐锡麟刺杀安徽巡抚恩铭之后被恩铭的手下抓住拷打。徐一度被恩铭所赏识和厚遇，恩铭担任安徽巡抚之后也为当地教育做出很大贡献。但是徐认为，恩铭的赏识是私人的，杀死恩铭为的是民族和国家。这需要多大的勇气和决心。
蔡元培一生经历了四个时期：清朝，南京临时政府，北洋军阀统治，国民党政权。著名学者辜鸿铭曾在课堂上对学生讲过：“中国只有两个好人，一个是蔡元培先生，一个是我。因为蔡先生点了翰林之后不肯做官就去革命，到现在还是革命;我呢？自从跟张文襄做了前清的官员以后，到现在还是保皇。”可见他对蔡元培颇为尊重。不过，让蔡元培始料未及的是，他一生革命为之奋斗所建立的国民党政权成了蒋介石的独裁政权。所以，他曾经说过“蒋介石是袁世凯第二，万不可信他”。
1940年3月5日，蔡元培在香港病逝。4月14日下午，延安各界千余人在中央大礼堂举行蔡元培、吴承仕二先生追悼大会，会场悬满挽联，周恩来送的挽联是：
从排满到抗日战争，先生之志在民族革命;
从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。
可惜，这两样在蔡元培的有生之年都没能实现。
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