军统前身是“军事委员会密查组”(1927年)、复兴社特务处(1932年4月)、军事委员会调查统计局第二处(1937年)。主要负责人为戴笠。军统局内勤组织共有八处、六室、一所;外勤组织在各在城市设“区”，在各省设“站”，在一些重要城市“特别班”。其基本组织为“组”及直属情报人员。
1946年戴笠乘坐飞机失事死后，军统局进行改组，其公开特务武装部分与军委会军令部二厅合并为国防部第二厅，由郑介民任厅长;秘密核心部分组成国防部保密局，毛人凤为局长。1949年，军统主要机构撤至台湾。中统是国民党CC系陈果夫、陈立夫控制的全国性特务组织。即中国国民中央执行委员会调查统计局的简称，它正式成立于1938年8月，其前身是1928年国民党中央组织部调查科。中统局由国民党中央党部秘书长兼任局长，实际由副局长负责。陈立夫、朱家骅先后任局长、徐恩曾、叶秀峰先后任副局长。中统局在国民党各省、市、县党部都有有分支机构，以党政机关、文化团体和大中学校为活动重点，特务活动遍及全国。
到了台湾，中统没有了，只有军统，陈立夫到了美国，开办养鸡场，日子过得很苦。后来，军统逐渐演变成了现在的台湾的安全部门。1949年蒋家王朝覆灭，“中统”和“军统”随着国民党大陆统治的解体也在大陆覆灭了。但“中统”和“军统”不少高级官员及分支机构的高级特工大都辗转至台湾，成为蒋介石在台湾组建情治系统的中坚力量。蒋介石逃往台湾后，为了维护其统治地位，实现其“光复大陆”的美梦，仍然继续苦心经营他的特务组织，发展情治系统。所谓情治，就是情报治安的简称。
在1949年9月至1950年12月二年多的时间里，台湾当局先后成立了“统一、强化所有情报工作”的政治行动委员会、台湾情报工作委员会，以分析、研究、综合情报为主要任务的总统府资料室，以训练、派遣特务为主要任务的“革命行动委员会”，以专门搞武装游击骚扰活动为主要任务的“国防部”大陆工作处和党务系统的国民党改造委员会第六组等几个特务机构，并相继调 整了保密局、内调局和国防二厅三大特务系统的人事，蒋经国出任“总统府”资料室主任。
1952年，蒋介石进一步改组台湾的特务机构，把“革命行动委员会”撤销，在国民党中央委员会下设第二组和第六组两个特务机构，负责以大陆为主要目标的“敌后建党”和“心理作战”等特务活动。随后又设立了“国家最高国防会议”，蒋介石自任主席。1954年10月，蒋介石仿照美国在国家安全委员会下设中央情报局的模式，在“最高国防会议”之下，。以“总统府”资料室为基础，成立了“国家安全局”，随着“国家安全局”的设立，“国防部”保密局和内调局等特务机构也相应地进行了调整：以保密局为基础，将大陆处和内调局所属对大陆进行派遣活动的机构改组为“国防部”情报局，成为专门对大陆进行特务活动的机构;以“内政部”调查局为基础，将保密局中负责“保防”的部门划归“司法部”领导，成立“法务部”调查局，专门对台湾、澎湖、金门、马祖等地进行特务活动。
1958年5月，蒋介石又将“国防部”二厅改组为“国防部特种军事情报处”(简称“特情处”)，1961年5月，它又扩编为“国防部特种军事情报室(简称“特情室”)、专司搜集军事情报和勾联策反活动。同时在“保密局”骨干的基础上，组建负责岛内安全的警备总司令部和宪兵司令部。上述各情治机构，形成了密布于台湾各地的情治网，成为维护国民党在台湾的统治和镇压人民的工具。
此后，还陆续地进行过多次调整，如1972年5月，以国民中央委员会的第三组为主体和第六组的一部分合并为国民党中委会海外工作委员会;1973年，又将中委会第二组全部和中六组的另一部分合并成为国民党中委会大陆工作委员会。蒋经国、李登辉主政台湾时，也先后对台湾的情治系统进行改组和强化。
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