孙恩（？―公元402年），字灵秀，琅琊郡（今属山东）人，东晋五斗米道道士和起义军首领。家族世奉五斗米道 ，是永嘉南渡世族。东晋隆安三年（公元399年）起兵反晋，余众由孙恩妹夫卢循领导，世称“孙恩卢循之乱”。元兴元年（402年）三月，孙恩进攻临海失败，跳海自杀。孙恩海上反乱被称为“中原海寇之始”，为后世海盗活动提供了经验。后人常称海盗为孙恩，孙恩成了海盗的代名词。
待报叔仇
孙恩的叔父孙泰师从钱塘（今浙江杭州）人杜子恭，学习秘术。杜子恭死后，孙泰继任五斗米道教主，教徒广布南方，曾经为会稽王司马道子做事。隆安二年（公元398年），孙泰见外藩举兵对抗朝廷之事有感晋朝国祚将倾，于是打算作乱。会稽内史谢輶揭发孙泰造反的阴谋，孙泰遭司马道子诛杀。孙恩此时逃入海岛（或为今舟山群岛）。孙泰余众当时认为孙泰是“蝉蜕登仙”，到海岛中支持孙恩，孙恩于是聚集了百多人，伺机复仇。
屡攻三吴
隆安三年（公元399年），司马元显征调因三吴门阀免除官奴身份而成为佃客的广大民众到建康（今江苏南京）以充实兵员，称作“乐属”。此举激起当地门阀的愤怒不满；孙恩乘着人心不稳，率众乘机进攻上虞（今浙江上虞）并杀上虞县令，随后攻克会稽（今浙江绍兴），会稽内史王凝之被杀，孙恩部众增至数万人。当时会稽郡、吴郡、吴兴郡、义兴郡、临海郡、永嘉郡、东阳郡及新安郡皆有人响应孙恩叛变，三吴八郡于是一时皆叛，孙恩部众亦增至数十万人。 当时郡县官员大多不是被杀就是弃郡逃亡，孙恩于是据守会稽，自号征东将军，为其党众改了个称号为“长生人”，并宣令诛杀异己，连婴孩也不放过，于是大量人死亡。朝廷内外戒严，遣徐州刺史谢琰与镇北将军刘牢之前往镇压，孙恩在得八郡响应下原打算攻陷建康推翻东晋，知道刘牢之兵临钱塘江时就打算割据会稽，以钱塘江与东晋分庭抗礼； 不久刘牢之渡江，孙恩被逼率其所虏略的二十多万民众撤回海岛。当时孙恩在逃走时故意沿途留下虏劫得来的财宝器物以及年轻男女，争取刘牢之追军争相抢夺的时间逃亡。
隆安四年（公元400年）五月，孙恩率部众攻浃口（今镇海口），入余姚，破上虞，抵山阴县北之邢浦，被谢琰参军刘宣之击退后不久再度进军邢浦，并逼近会稽，守城的谢琰出战但战死。孙恩及后转攻临海。谢琰战死令朝廷大惊，派了桓不才、孙无终和高雅之领兵镇压。十一月，孙恩在余姚大败高雅之，但刘牢之及后却击败孙恩，孙恩再度逃入海岛。
威胁京师
隆安五年（公元401年）二月，孙恩率众第三次登陆，又攻浃口，进攻句章，但不能攻下并受刘牢之进击，于是撤回海岛。三月，孙恩第四度登陆，转攻海盐，但白天攻城遭刘裕击退，夜间试图进攻又被刘裕设计击败，孙恩于是转攻吴国内史袁山松守的沪渎。五月孙恩攻沪渎并杀袁山松，又从海路进至京口（今镇江），图取东晋京师建康，刘裕追孙恩至丹徒，以少胜多，大量孙恩部众堕海或堕崖，令孙恩狼狈登船逃走。不过孙恩仍自恃人多，不久就重整兵力再进建康，司马元显率兵拒战亦楼战不利。孙恩渐渐逼近，不过此时朝廷已经陈兵待战，豫州刺史司马尚之亦入援建康，孙恩乘虚掩袭建康的图谋失败，于是至新洲后就撤退，北走郁州。孙恩在郁州曾击败来攻的高雅之并俘虏他，但及后刘裕来讨，多场战事后孙恩大败，实力大减，于是沿海南逃。南逃期间刘裕仍然一直追击，于是在沪渎又大败孙恩，孙恩于是在浃口再逃入海中。
穷途末路
元兴元年（公元402年）三月，桓玄消灭司马道子父子的势力，执掌朝政，孙恩乘时再度来攻，但进攻临海郡时被太守辛昺击败，孙恩屡次来侵所掳掠的三吴士民经上年大败给刘裕和此战后，至此死亡殆尽，仅余数千人。孙恩害怕被朝廷俘获，于是投海自尽，数百名他的妓妾和信奉他的部众皆随之而死， 孙恩更被其信众称为“水仙”。
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