引起柑橘烂根的原因有很多：它的根系被浸泡在水中，时间一长就会烂根，需注意控水。平时施肥量太大、浓度太高或者是施加生肥，都会出现肥害而烂根的，应改掉不当的施肥方法。还有，它的根系被土里的病菌感染后也会腐烂，需修剪病根并换土栽培。
二、发生肥害
原因：在给它施肥的时候，若施加太多量的化肥，或者是施加浓度高的肥料和生肥，又或者施肥量过大， 都会因此而将柑橘的根部烧伤，从而会腐烂。
解决方法：应该改掉平时不正确的施肥方法，应该薄肥勤施，每次都要少量的施加。同时，浓度较高的肥料也不要使用。施肥量多了就要多浇水，将余肥从盆内冲洗出去。
三、病菌感染
原因：如果在养殖期间，柑橘的根系被病菌感染的话，根部就会发生腐烂的情况。
解决方法：需要第一时间将病根清理掉，并对根系进行消毒，有条件的话就要换上新的土壤进行栽培养殖。
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