沙漠是流动的，所以打深水井有一定的风险。而且水在沙漠中流动，由于沙漠颗粒之间的空隙太大，而且透气性好，泵出的地下水很快就会渗入沙漠，沙漠中的蒸发量远大于降水量。因此，抽取的地下水会蒸发大部分，渗透一部分，而一小部分可以被绿洲生物利用，成本高，收益少。
而且打井抽取地下水供水能力有限，不如像我国的“引黄河水入新疆”、“红旗渠工程”、“南水北调”西线工程来的快一些，这些工程调水上亿立方米，而打口井，24小时不间断抽水，能力也相当有限的。
因此，虽然打深机井可以形成小气候，小片绿洲，但是想要改变沙漠大格局却相当有限。综合考虑，打井抽取地下水，使沙漠变绿洲可行性不高。
从2000年开始，敦煌是为了解决月牙泉的生态问题，着手采取三禁政策，通俗的说就是在全市这一范围内开始推行“禁止打井，禁止开荒，禁止移民”的政策，同时大力扶持普及滴灌，管灌等高技术灌溉工程，通过技术改变原来的农业生产模式。使得当地的农业用水大量减少。
当地政府也是采取了将大部分流水回灌到月牙泉的策略。现在，每年将近500余万立方米的流水要回灌到月牙泉中。而这些水源也是在原来的流域上，或者地下水那里抽取过来。目前的月牙泉水位是保持的稳定，但是仍然有每年下降的趋势。
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