未成年人不宜用
亚麻籽油虽然功效很多，但孩子却不宜直接食用，以免对孩子的健康造成影响。不过可将亚麻籽油拌入食物中佐餐给孩子吃。
乳腺癌患者不宜吃
亚麻籽油里面含有非常多的植物性雌性激素，这些激素对于正常人有一定的保健效果，但乳腺癌患者食用会促进乳房再一次发育，可能会导致乳房癌细胞扩散，加重病情。
不能高温烹饪
我们一般都习惯把锅烧热后倒油，然后高温烹饪食物。但亚麻籽油却不能这么做，因为其最主要的原始营养成份α-亚麻酸，是一种非常活泼的多不饱和脂肪酸，一旦加热超过45度，其营养成分就会受到破坏，且温度越高，加热时间越长，其营养破坏就越严重。所以，亚麻籽只能低温烹饪菜肴，比如用于凉拌、拌酸奶等。
服用避孕药的女性不宜吃
避孕药里的雌性激素含量很高，此时再吃含有的雌性激素高的亚麻籽油，就可能造成体内激素严重的不平衡，从而影响到女性的身体健康。
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