子宫因素
女性子宫有问题，比如子宫发育不良、子宫粘膜下肌瘤、子宫内膜息肉、宫腔粘连、子宫内膜结核等都可能影响受精卵着床，出现生化妊娠。
卵巢黄体不好
孕妇卵巢黄体功能不全，会导致黄体酮分泌不足，子宫内膜异常，影响受精卵在子宫内的着床，从而出现生化妊娠。这种情况可通过黄体中期抽血查黄体功能得知。
免疫因素
免疫因素导致生化妊娠分两种情况，具体如下：
同种免疫：精子、精浆或受精卵是抗原物质，与阴道及子宫内膜接触后，通过免疫反应产生抗体物质，使精子与卵子不能结合或受精卵不能着床。
自身免疫：带有父方异体抗原成分的胚胎对母体来说是一个异物，母体能产生一种保护性抗体，防止胎儿被母体作为异物排斥。如果母体缺乏保护性抗体，胚胎就会遭到排斥，产生生化或流产。建议验血检查免疫抗体、封闭抗体，必要时可行免疫治疗。
受精卵质量不好
受精卵本身质量不好，自然就会被淘汰，这是生化妊娠最常见的原因。受精卵质量好坏一般直接取决于卵子和精子，而这两者的好坏跟备孕夫妻平时日常生活习惯有很大的关系，例如：吸烟、酗酒、熬夜、过劳等都会影响其质量。另外，遗传因素导致受精卵染色体异常也是原因之一。
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