康熙二十二年(公元1683年)六月，施琅奉命率水师2万余人，战船200余号，自铜山(今福建东山)出发，进击台、澎，经过几天奋战，大败澎湖守军。郑军主力悉数被歼，守将刘国轩潜逃台湾。施琅占据澎湖后，对郑军实行招抚。郑克见大势已去，遂同意归附清廷，实行和平统一。
康熙对施琅的以战逼和给予大力支持，当他接到施琅克澎湖的捷报之后，立即下诏郑军：“尔等从前抗违之罪，尽行赦免。仍从优叙录，加恩安插，务令得所。”对郑军是否就抚，康熙也晓以大义：“倘仍怀疑畏，犹豫迁延，大兵一至，难免锋镝之危，倾灭身家，噬脐莫及。尔等其审图顺逆，善计保全，以副朕宥罪施仁至意。”康熙的态度和施琅的以战带和策略完全一致，这就顺利地使台郑集团放心归附。
台湾和祖国和平统一在清初是一件大事，施琅为此立了大功。康熙把台湾的归附看成是施琅为清朝“扫数十年不庭之巨寇，扩数千里未辟之遐封。”他在施琅封侯的“制诰”中称赞施琅“矢心报国，大展壮猷，筹划周详，布置允当，建兹伟伐，宜沛殊恩。”当然，平心而论，台湾的收取，从施琅的坚决态度、施琅的策略以及施琅对郑氏的大度胸怀看，其功是当之无愧的。但是施琅如果没有康熙的支持，他将一事无成。
康熙的支持，对于施琅来说有其特殊的意义。这是因为施琅是个降将，一部分大臣对他有偏见，这增加了康熙对施琅的了解和任用的困难。不过，由于施琅矢志报国，循正为人，不论在提督任上还是在内大臣任内，都没有突出劣迹，因而康熙对他并不反感，而且能够比较客观地去看待施琅，使施琅有机会为国家建功立业。
正当施琅雄心勃勃希望以武力征服台湾时，康熙下令召施琅入京任内大臣，并下令撒水师，不再议武力征台。这对施琅来说，地位自不如前重要了。康熙这样做，主要是迫于形势，而不是对施琅一意罢贬。这个形势就是朝臣主抚派占了上峰，以及朝臣对施琅的不信任。
当时对施琅的不利因素比较多，他不仅是明郑的降将，而且在1664年和1665年，即康熙三年和四年，前后数次率兵征台未果，损失兵丁。加上后来又出现他有子侄在郑军中的事件。当时清统治集团对明郑降将多不信任，曾下令把这些降清士兵官员迁往内地各省安插。而对施琅当然也不可能例外。这种不信任当然也包括康熙在内，李光地向他推荐施琅为水师提督时，康熙问李光地：“汝能保其无他乎？”这是一部分朝臣的担心，康熙当然不能不考虑到，但当李光地详细和康熙谈了施琅的优点时，康熙便决心用施琅去征台。
施琅虽属武将，但他是一个有心计的人，正如李光地所说：“施琅素不多言，言必有中。口亦不大利，辛辛苦苦说出一句，便有一句用处。”对施琅的为人、学识，李光地也都有过很好的评价。这些对康熙较全面地了解施琅是起了作用的。
起用施琅任福建水师提督
1673年，清朝南方几省发生“三藩之乱”之时，台郑势力便乘机而入，进军闽粤沿海一带，对广东、福建构成严重威胁。仅福建海澄一役，就被围困83天，2万多名清军，8000多匹战马，死亡过半。
1681年，即康熙二十年，清、郑两方都发生了历史性的转折事件。这一年郑经去世，长子继位之后随即被杀，年仅12岁的次子郑克继位，郑氏集团内部矛盾激化;而清方在这一年却最后平定了“三藩之乱”，能够腾出手来考虑平台的问题，于是，康熙必须重新考虑福建水师提督的人选问题。
康熙曾先后两次就福建水师提督人选事征求过李光地的意见。第一次李光地答以施琅“海上路熟，海上事他亦知得详细，海贼甚畏之。”第二次康熙就“命将”问题又一次征求他的意见，他认为“计量起来还是施琅。”
在李光地的力荐下，几乎没有经过太多周折，康熙于李光地力荐同月便下敕谕，任命施琅为福建水师提督，加太子少保;赞扬施琅熟悉彼处地形，海寇情形，要他到福建去，“克期统领舟师进取澎湖、台湾。”
支持专征收复台湾
鉴于历史的教训，历史上许多战例，不是失在敌强我弱，而是失在将领之间互相掣肘，互相扯皮，而贻误战机。当时福建总督姚启圣、巡抚吴兴祚都想抢征台之功，俱决意出兵。姚启圣虽力主收取台湾，但战略部署以及战术配置，如发兵的时间、地点，多和施琅有分歧;而吴兴祚原来是个主抚派，对海事也并不熟悉。因此，施琅一到厦门，立即上疏要求专征台湾，即军事指挥由他独自决策，并表示为收取台湾，赴汤蹈火，在所不辞。在一次上疏要求专征时，他更立下军令状：只要“独任臣以讨贼”，臣“必破台湾”，如若不成，“治臣之罪”。
由于康熙的支持。施琅在攻占澎湖、招抚台湾时，不但军事指挥得当，而且招抚郑氏集团，采取的策略十分高明，没有搀杂着半点报私仇的杂念。在这过程中，他说了两段很得体的话：一是部众劝他对郑部“急扑灭之，以雪前仇”。他说：“吾此行上为国下为民耳，若其衔璧来归，当即赦之，毋苦我父老子弟幸矣！何私之与有？”另外一条，是他到台湾后亲自去祭郑成功时说的：“自同安侯(郑芝龙)入台，台地始有居民。逮赐姓(郑成功)启土，世为岩疆，莫可谁何？今琅赖天子之灵、将帅之力，克有兹土。不辞灭国之罪，所以忠朝廷而报父兄之职分也。但琅起卒伍，于赐姓有鱼水之欢，中间微隙，酿成大戾，琅于赐姓，剪为仇敌，情犹臣主。芦中穷士，义所不为。公义私恩，如是而已。”
康熙皇帝对施琅顺利收取台湾，报以极大的兴奋。据说，康熙得到施琅克台的消息，正值中秋佳节，欣然祝酒赋诗。满怀豪情地写道：“牙帐受降秋色外，羽林奏捷月明中。海隅久念苍生困，耕凿从今九壤同。”后来又特地写了一首诗来表彰施琅收复台湾的伟业：“岛屿全军入，沧溟一战收。降帆来蜃市，露布彻龙楼。上将能宣力，奇功本伐谋……”
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