在我国古代史籍中，对新疆长期通称为西域。清朝统一新疆之后，曾一度数名并用;西域、西疆、西陲、新疆等四个名称的使用，屡见与公私著作与公文之中，如：《西域图志》《西陲要略》《新疆识略》，等等。1884年新疆建省之后，就一直通用新疆一名，而不再使用西域、西疆、西陲等名称。这中间的历史原委，需要加以说明。
清朝入关以前，它所统辖的疆域仅限与东北地区。清朝统一中国之后，将它所统辖的版图的几个地区均曾一度称为新疆，除称“云南乌蒙地区、贵州黔东南古州一带、贵州安顺与镇宁附近一带和西域等几个地区为新疆”以外，(见肖之兴同志所写的《清代的几个新疆》载《历史研究》，1979年第八期)“还有一个被称为新疆的地区，即四川大渡河上游的大小金川地区。”(见齐清顺同志所写的《大小金川地区也曾被称为新疆》，载《新疆史学》，1980年第一期。)从整个的中国历史来看，西域连同四川、云南、贵州等省的一些地区自古以来都是中国的领土，都是中国的旧疆。清朝皇室所以把它们名之曰新疆，只是由于它们对清朝皇室来说是新统治的地区罢了。
那么，在新疆建省之后，为什么废弃了西域、西疆、西陲等名称，而通用新疆这一名称呢？这是有其深刻的历史根源的。自从近代以来，资本主义列强对我国大肆侵略，对我国的领土贪婪地鲸吞蚕食。对地处我国西北边疆的新疆，沙俄和英国的侵略尤为嚣张。1865年浩罕国的阿古柏匪帮在沙俄和英国的支持下，侵入新疆，侵占了我国天山南北的大片领土，沙俄也趁机侵占了新疆的伊犁地区。在这个国土被蹂躏、人民遭涂炭的严重时刻，在全国舆论的压力下，清朝政府派出了以左宗棠为统帅的大军，着手收复新疆。在新疆各族人民箪食壶浆、配合作战的积极支援下，清军于1878年彻底消灭了阿古柏匪帮，并于1882年迫使沙俄侵略军撤出了伊犁。
左宗棠积极主张建立新疆省，以巩固边防，抗御外国侵略。这个正确的主张，终于为清朝政府所采纳。左宗棠在1882年给清朝政府的奏议中，曾提出了“他族逼处，故土新归”的论点(见《左文囊公全集·奏稿》第五十九卷)这是含有深刻的意义的。为什么叫做“故土”呢？因为自汉唐以来就是我国固有的领土。为什么又叫做“新归”呢？因为是新从沙俄和阿古柏匪帮的魔爪中收复的失地。在“故土新归”的历史条件下，建省后统一用新疆之名，而废止了前此使用的其他名称，实含有深意：有着收复失地的纪念意义;有着驱逐了外国侵略者的纪念意义。因此，在热爱祖国的我国各族人民的心目中，新疆这个名称确实是一个很好的名称，是一座富有历史纪念意义的丰碑。
需要特别强调的是，自从公元前60年(汉宣帝神爵二年)西汉政府设置西域都护以来，新疆始终是祖国领土的一部分。虽然在历史上新疆曾经出现过一些割据一时的地方性政权，统一始终是历史发展的主流。存在了两个多世纪的喀喇汗朝是一个地方性的政权，其历代汗(王)的名字之前多冠以“桃花石”(意既中国)，当时他们还把中国分为三个部分：把南宋管辖的地区称为上中国;把契丹所管辖的地区称为中中国;把喀喇汗朝所管辖的地区称为下中国。这个史例足以说明，即使在当时全国处于分裂状态的历史条件下，喀喇汗朝还自认为是中国的一部分的。
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