元末起义军领袖之一的朱元璋击败其他义军，将蒙元政权逐出中原，于公元1368年建立明朝。不过明朝的建立并不意味着战事结束，据《明史》及《明实录》记载，从公元1368年至公元1374年这七年间，倭寇对中国沿岸的侵扰次数多达二十三次，可见当时倭寇的猖獗。
洪武年间正值日本的南北朝内战，流离失所的日本平民为逃避战乱，纷纷流亡海上。明太祖洪武25年(公元1392年)，日本北朝的足利氏吞并南朝，不少南朝遗臣相继逃亡出海，与日本浪人组成强大武装，形成倭寇，侵扰中国沿岸地区。
另一方面，曾割据江南沿海州县的张士诚和方国珍，自被朱元璋击败后，其部下亡命海上，勾结日本浪人，侵扰山东、浙江、福建等沿海地区。有鉴于苏、松、常、嘉、湖等州是张士诚的故根据地，朱元璋因而对以上地方采歧视性政策，该地田赋较其他地区高出十倍以上，当地百姓不堪其苦，流亡他乡，或作为倭寇向导。此外，闽浙大族亦为了利益私通倭寇。
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