明仁宗通过改组内阁，授予他的某些心腹顾问显贵的品位，以著名的翰林学士和干练的官员充实行政官署，来开始他组织新政府的工作。在他新任命的官员中，许多人在他在南京或北京摄政时已经为他效劳，有的人在他与明成祖有分歧时支持过他，为此受到了惩处。 明仁宗特别重视儒家道德和个人品德。权谨便是一例，他是一名低级官员，在洪熙元年(1425年)进入内阁完全是因为他极为孝顺。同样，明仁宗任命有才能和守纪律的人担任地方的行政和司法职务。为了使官僚机器更有效率，明仁宗对文官科举制度作了一些改变。他认为这个制度偏袒南方人，于是规定了份额，以保证北方人占全部进士的40%;这个政策经稍加修改，在明、清两朝一直贯彻执行。
而后来的明宣宗保留了原来的政府结构，让许多杰出的官员继续效劳。但是他在政治制度方面和行政实践中的确作了某些变动。这在内阁作用的改变和宦官参与行使行政权方面表现得很明显。由于明仁宗的改组，由翰林学士任职的内阁此时享有崇高的威望。自明成祖在位时起，人们所称的内阁原来是一个谘询机构，这时开始行使更大的行政和审议实权。三杨、金幼孜、黄淮分别在内阁中重新任职。他们不但官居一品，具有特殊的宫廷官衔，而且在外廷兼任尚书。
内阁的突出地位还因新的行政程序而得到加强：定期上朝觐见皇帝以讨论较为迫切的政府事务。遵循明仁宗的先例，皇帝要他们直接向他呈递密封的奏议以确定适当的行动。此外，皇帝采用了一种称之为条旨或票拟的正规的办事程序，程序规定大学士们审议官员呈递的奏议，并提出适当答复贴在每道草拟的诏令上以供御批。皇帝一般采纳他们的建议，并将诏令分送给主管的部去贯彻;他并不再召他的顾问们进行复议，除非主要内容出现了争议。这样，内阁就成了皇帝和六部之间的桥梁，与以往相比，更成了决策的力量。它的领导人这时可以不与主管的部商议就提出建议，每当皇帝感到应该默认他们的决定时，这些决定就自动生效。
为了社会的稳定与经济的发展，明仁宗和明宣宗采取了不少行之有效的措施，反贪倡廉便是极为重要的一个方面，在这一系列的措施中，对于都察院的整治，更是其中最具特色的措施之一。除与民休养生息外，对待臣下，仁宣二帝则广开言路，善于纳谏。明仁宗曾对謇义、杨士奇等臣子说：“前世人主，或自尊大，恶闻直言，臣下相与阿附，以至于败。朕与卿等当用为戒。”明宣宗即位后则进一步继承和发扬这一广开言路、纳谏的风尚。他对大臣说：“汉、唐诸君，文帝、太宗能纳谏，文帝几致刑措，太宗致贞观之治，亦皆受善之效。” 明宣宗对这几位重臣十分信任，对于他们提出的建议总是虚心接纳，君臣之间的关系很是融洽 。“当是时，帝励精图治，(杨)士奇等同心辅佐，海内号为治平。帝乃仿古君臣豫游事， 每岁首，赐百官旬休。车驾亦时幸西苑万岁山，诸学士皆从。赋诗赓和，从容问民间疾苦。”
轻刑措，也是仁宣之时的一个施政特点。明仁宗对刑部和都察院说：“朕于刑法，未尝敢以喜怒增损，卿等鞫狱之际，亦当虚心听察，量其情实，有罪不可幸免，无罪不可滥刑。”又说：“若联一时过于疾恶，律外用籍没及凌迟之刑考，法司再三执奏，三奏不允，至于五奏、五奏不允，同三公及大臣执奏，必允乃已，永为定制。”在他统治的短暂时间里，还废除了一些严刑酷法，如不许“于法外用鞭背等刑，以伤人命，尤不许加入宫刑，绝人嗣续”，还规定“自今惟犯谋反大逆者，依律连坐，其余有止坐本身，毋一概处以连坐之法。”
仁宣时期改革科举取士法，严格任用和考察官吏制度，严厉控制宦官，打击贪官污吏，使吏治清廉。在用人制度上，也改变了前朝偏重进士，排斥吏员的现象，坚持任人唯贤、唯才是举。同时从明仁宗始，设立巡抚制，以加强对地方官吏的督察。通过一系列打击整肃，贪赃行贿现象逐渐减少。赵翼《廿二史劄记》称：“故为守令者，无不洁已爱民，耳公于清议。”正是由于明仁宗，明宣宗的作风较为开明，才有了被史家赞扬的“仁宣之治”。
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