皇帝闲了，大臣们的角色也同样变，原先在这个官僚体制中，各类的权力都被朱元璋拆分开来，而在这套变动过程中，本来拆分的权力，也又重新组合起来。比如原本分散的六部权力，被统一整合到内阁负责，而地方上原本分散的“三司”权力，被统一整合给各省的巡抚，以及负责多个省公务的总督负责。权力组合的结果，使得相关大臣的权限加大，连带着话语权加大，办公固然方便了，但和皇帝顶牛，也自然变得方便了。于是从明朝中后期开始，明朝大臣和皇帝顶牛的事，也就越发的多了起来。
到了明宪宗成化皇帝在位开始，群臣给皇帝顶牛，又多了新招数，经常是为了争论一件事，闹得大臣们以集体辞职相威胁。比较典型的事，就是西厂提督太监汪直引发众怒，大臣商辂率领文臣进谏，以集体辞职为武器，迫使明宪宗罢免汪直并裁撤西厂，虽然这场争斗，还是以汪直复职西厂复设，以及商辂黯然罢官而告终，但随着文官集团话语权的壮大，集体辞职这一招，在之后明朝历代皇帝在位时，都被大臣们屡试不爽。
比如明孝宗朱祐樘在位的时候，大学士刘健等人率领群臣进谏，以集体辞职劝说明孝宗赦免两京之狱中的获罪言官，并严惩涉案宦官。明武宗朱厚照时期，发生过两次著名的内阁集体辞职事件，一次是刘健，谢迁，李东阳三位阁臣，率领六部九卿集体辞职，劝说明武宗驱逐宦官八虎。另一次是明武宗在位晚期，常年外出巡游，并率兵在应州与蒙古鞑靼部血战，结果以梁储，蒋冕等阁臣为首的百官，以集体辞职劝说明武宗回京理政。
而到了明神宗万历皇帝在位的时期，发生了著名的“争国本”案，集体辞职这招，更从官员顶牛皇帝的杀招，变成司空见惯的常用招数，当时围绕着立太子问题，坚持立皇长子的群臣，与坚持立皇三子的明神宗，展开了二十年的顶牛，期间每当双方关系剑拔弩张的时刻，特别是诸多官员因为直言进谏遭罚时，总会闹出重臣们集体辞职以示抗议的一幕，诸多重臣也因此挂冠而去。而苦受顶牛之苦的明神宗本人，更演出了三十年不上朝的雷人之举。话语权越来越多的大臣们，在皇帝面前，也变得越发的不听话。明朝官员的不听话，主要表现在三个方面，一是批评多，经常性的批评皇帝。二是管的宽，他们批评皇帝的内容，从国家大事到个人私生活，那是无所不包，比如明孝宗朱祐樘在位的时候，一次参加经筵，不小心打了个哈欠，结果接着有言官进言，说皇上您打哈欠，这是对经筵的不尊重。
如果说这还算国家大事，那么隆庆年间的詹仰庇却更雷，一次他偶然从太监处听说，皇帝好像许久没有宠幸皇后了，这本来是人家两口子之间的私事，结果詹仰庇灵感大发，上奏奇文一篇，要求皇帝要多宠幸皇后，皇帝皇后夫妻恩爱，才是国家的福气，一番怪论，闹得隆庆皇帝哭笑不得。甚至有时候，官员批评皇帝，不但不问青红皂白，而且是不顾事实，完全凭借道听途说甚至臆测。这种事典型倒霉的，依然还有隆庆皇帝，一次隆庆皇帝偶尔没有上早朝，接着御史蔡汝贤就上奏说，皇上您这几天生病，我听说您最近纵欲过度，夜夜宠幸美人，您这样可不行啊。如此奏折，把隆庆皇帝委屈的不行，以至于直接下诏书反驳说：你以为我生病是因为好色吗？我真的是干工作累的。
比起隆庆皇帝来，他的儿子明神宗朱翊钧更委屈，那时候朱翊钧三十年不上朝，到了临终的时候，还专门把内阁首辅方从哲叫到宫里来，方从哲本来以为皇帝叫他是来托孤，没想到明神宗当着方从哲的面卷起胳膊展示说：你看看我的胳膊都浮肿了，这全是干工作累的，外面那些大臣们，整天上奏折胡说，说我在宫里不务正业，你可要为我证明啊。一番话当场把方从哲雷翻，还没等方从哲回过神来，明神宗又接着对身边太监说：我每天是怎样辛勤工作的，你一定要如实说给方大人听。
而比起这两条来，第三条却更让皇帝们抓狂，就是官员权力越来越大。放在明初的时候，官员生活那叫一个苦逼，那时候朱元璋大权独揽且律令严苛，官员们稍微犯错就会被严惩，甚至每天上朝，如果能平安回来，有些官员家还会照灯结彩格外热闹——庆祝自家老爷又多活了一天。
而从明朝中后期以后，官员的话语权也越来越大，特别是皇帝说话，有时候也是可以不听的，比如皇帝想用钱，发文到户部去，户部如果觉得这笔钱不该用，就可以不拨钱，并且把皇帝的诏书原封不动退回，这叫封驳。
不但用钱可以问题可以封驳，其他问题上也能封驳，甚至皇帝认爹的问题，明世宗在位早期，发生了著名的大礼仪之争，起因是以外地藩王身份即位的明世宗，拒绝按照皇室法统，不认已故的明孝宗为爹，反而要坚持追封自己的亲生父亲兴献王帝号，引发群臣不满，以杨廷和为首的内阁大臣坚决对抗，明世宗下的诏书，大臣们不照办。一场礼仪之争，把明世宗折腾的叫苦不迭。
这种越来越烦的情况，明朝历代皇帝都不会等闲视之，因此即使是再荒废朝政的明朝皇帝，在位期间都在这个问题上开动脑筋，用各种办法强化皇权，最通用的办法，就是强化宦官权力，用以对抗话语权越来越大的群臣，这招从明宣宗执政时代就开始用，他在位的时候设立司礼监，给予司礼监批红权，使宦官集团在朱棣时代有了特务权后，又多了行政权，之后的时期里，明朝宦官地位的提升，其实是和明朝文官集团地位的提升同步的。
而每一代帝王，也都有一些自己的办法，明宪宗除了增加特务机关，加强对群臣的监控外，也注意放开言路，言官批评他的奏折很多，他虽然多不接受，但处罚言官却很少。而明世宗朱厚熜在位时期，由于他之前的明武宗时代，宦官威权过重，他登基后开始限制宦官权力，提高文官集团地位，重用内阁。
每一任皇帝面对这个问题的时候，方法各有不同，但其实道理都是一样，当明朝皇帝，文官，宦官这个权力三角体系确立后，其权力的分布，就变得好像一只天平，皇权在中间，文官和宦官各自占两边，在明朝做个好皇帝，其实也就要求做到一条，要保持文官集团和宦官集团之间的权力平衡，整个明朝中后期，所有执政成就最好的时代，都做到了这个平衡。
典型如著名的“张居正改革十年”，尽管当时的明神宗还是个小孩子，但是担任辅政大臣的张居正，与担任宦官集团首脑的冯保，既是相互利用的伙伴，却在权力上也相互制约，张居正有辅政大权，然而却无厂卫大权，同时他的辅政权，也需要得到来自宫廷内部，尤其是明神宗与李太后的支持，因此必须要倚重冯保，冯保虽然是宦官首脑，但行政方面，同样要倚重张居正，这种相互的倚重，成就了张居正大刀阔斧的改革，有了著名的“万历中兴”。
由此可见，在明朝好皇帝的首要标准，其实就是一句俗话：在宦官和文官之间，要一碗水端平。
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