博通经籍
马融字季长，是将作大匠马严的儿子，其从祖为东汉名将马援。他的言语和姿态优美，有才华，善于言辞。之前，京兆人挚恂隐居南山，用儒术教授门徒，不应州郡征聘，名闻关西地区。马融跟从他游学，博通经书。挚恂很欣赏马融的才华，于是把女儿嫁给了他。
初入仕途
公元108年(永初二年)，大将军邓骘听闻马融的名声，于是召他任舍人，但马融并不喜欢此职，就没有应命。客居在凉州的武都、汉阳二郡间。当时羌人突起，扰乱边境。米价飞涨，自函谷关以西，路上饿死的人一个接一个。马融也遭受饥困，就后悔了起来，对他的朋友说：“古人有言‘左手据天下之图，右手割其喉，这种以名害生的事，愚夫也不干。’这是为什么呢？生是最可贵的。现在为了怕乡曲之士耻笑，使无价的身体受到摧残，这不符合老庄的道理。”于是应邓骘的征召出仕。
公元110年(永初四年)，马融被拜为校书郎，到东观典校秘藏书籍。当时，邓太后掌权，邓骘兄弟辅政。一般浅见的儒生学士，都认为文德可兴，武功宜废，于是停止了练武的制度，不讲战阵之法。因此猾贼蜂起，乘国家无备。马融对此大为不满，认为文武之道，是圣贤所重视的，金、木、水、火、土，人们把它们并用，任何一个都不可废，怎能不讲武功。
上疏遭锢
公元115年(元初二年)，马融上《广成颂》来讽谏朝廷。《广成颂》送上后，得罪了当权的邓氏。马融只得呆在东观，十年不得升迁。马融后来因为侄子去世，于是请罪归家。邓太后听说后大怒，认为马融不遵从朝廷的命令，想在州郡做官，于是下令禁止马融为官。
公元121年(建光元年)，邓太后去世，汉安帝亲政，召还马融回到讲部。又出任河间王厩长史。当时安帝东巡岱宗(泰山)，马融献上《东巡颂》。安帝对他的文才感到惊奇，于是召拜他为郎中。
公元125年(延光元年)，北乡侯刘懿即位，马融称病辞官，在郡里任功曹。
公元133年(阳嘉二年)，朝廷下诏命群臣推举敦朴之人，城门校尉岑起举荐马融，马融赶赴征召，经考核出任议郎。又被大将军梁商任命为自己的从事中郎，后升任武都太守。当时西羌反叛，征西将军马贤与护羌校尉胡畴率军征讨，但却拖延不进。马融知道马贤必败，于是上疏请求允许自己率关东兵五千进攻，但朝廷没有听从。马融又上疏认为羌人和北方少数民族，可能会来侵扰，应做好准备。不久，陇西郡的羌人造反，乌桓侵掠上郡，都如马融所说的。
屈于权贵
后经三次迁升，至汉桓帝在位时马融任南郡太守。之前，马融因一些事得罪了大将军梁冀，梁冀暗示有关部门诬告马融在郡里贪污，他于是被免职剃发，流放至朔方郡。马融自杀未遂，得以免罪召还。再任议郎，又在东观校勘儒学典籍，并参与续写《汉记》(史称《东观汉记》)，后来因病离职。
当初，马融被邓氏惩办，便不敢再触犯权贵，后来又为梁冀起草陷害太尉李固的奏折，被吴祐斥责说：“李公的罪，成于您的手下。李公如果遭到诛杀，您有什么面目见天下人呢？”他又为梁冀作大将军《西第颂》，因此颇为正直之士所耻笑。
高龄而终
公元166年(延熹九年)，马融在家中去世，享年八十八岁，遗令薄葬。
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