秘密结社是中国民间社会的一个重要组织形式，有着悠久历史传统，其功能是在政治高压社会网络中为孤立无援的个人提供咨询和帮助。据研究，晚清北方中国活跃的所谓义和拳只是中国民间秘密结社的一个分支，大多属于白莲教系统，其政治起因多是不满意于满洲“异族”统治，故而在清朝前期从事“反清复明”政治活动，基本上是以民间力量为清朝政治统治制造麻烦。到了清朝中期，民族意识在长时期消磨中逐渐丧失，由白莲教系统演化出来的所谓义和拳实际上已演变成以强体健身、自卫身家为宗旨的民间武术或娱乐团体，他们的政治诉求一般说来比较简单具体，因为他们已失去以满洲人为斗争对象的可能和机会。
鸦片战争后，传教士随着列强的战舰大规模东来，涌入内地，他们在向中国社会传递西方近代文明的同时，毫无疑问也因为对中国国情缺乏了解而支持或者说利用了一些无良中国人。不可否认早期教民中有许多虔诚的中国人真心向教，但同样不可否认早期教民中也有一些无良之士甚至地痞无赖。这些无良之士利用传教士作背景，欺行霸市，为非作歹，横行乡里，激化了中国民间社会中西文化矛盾，西方来华传教士无端替那些无良教民承担了责任。民间社会与“新异族”传教士的矛盾不断加剧，他们逐渐将传教士作为主要斗争目标和袭击对象。于是民间秘密结社成为晚清中国社会中抵抗外来侵略尤其是反对外国传教士斗争的中坚力量。在甲午战前，中国民间秘密结社反洋教的斗争虽然时有发生，但从总体上看，这种斗争既没有形成规模，也没有多少政治深度，更多的只是各地因某些具体事件而发生的反对教士、教民不法行为的所谓“教案”而已。
甲午战后则不然。随着列强瓜分中国步伐的加快，中国民族危机日益加深，而且随着外国洋货大量输入，近代新式工业兴起，民间生存状况生存条件都发生了很大变化，较之战前不是有所改善，而是进一步恶化。有了这种最直接的个人生命体验，中国人民尤其是广大农村人民在将这种责任归罪于清政府无能的同时，他们更直接的感受就是那些仰仗洋枪洋炮而作威作福的洋教士们以及他们所豢养的那些所谓教民几乎没有什么好东西。他们的愤怒无一例外地对准这些洋教士和土教民。就传教士本身来检讨，他们本来是肩负着传播“福音”的使命来到中国。一般说来，在甲午战前，除个别传教士怀有某些政治野心，不安分于传教而热衷于政治活动外，大多数传教士还是在中国广大地区尤其是农村地区，特别是偏远的农村地区作了许多有益的慈善、教育普及等工作。
然而到了甲午战后，由于列强瓜分中国的步伐在加快，在中国境内的外国传教士也发生了某些分化，相当一部分传教士已不安心于本职，开始直接或间接为其国家利益服务，违背了其为上帝传播“福音”的原初宗旨。例如德国天主教会圣言会在山东的主教安治泰，一直要求德国政府为教会利益采取积极有力的行动，因此当巨野教案发生后，他立即向德国外交部建议应该利用这个大好机会出其不意占据胶州湾，并将此变为德国在远东的一个重要基地。这种具有明显政治色彩的言行显然不符合传教士的角色，不符合传教士来华的原初本意，显然是以宗教外衣从事政治活动，这自然引起中国人的反感。
像安治泰这样的传教士在当时虽然并不具有普遍意义，但也为数不少。诸如法国传教士樊国梁、美国传教士丁韪良、李佳白等，他们虽然在近代中国社会转型过程中起过相当重要的作用，但随着中国政府与西方国家尤其是与他们自己的国家发生某种冲突或外交紧张时，他们都在某种程度上背弃了宗教信仰，而屈从于更现实的政治，都曾向其故国竭力鼓吹过瓜分中国，要求其政府动手建立自己的侵略基地。在某种程度上可以说，甲午战后列强在中国争夺租界地、抢占势力范围，企图通过武力或非武力的手段瓜分中国的阴谋，一直有传教士在其间起作用。像樊国梁、丁韪良、李佳白这些传教士在中国多年，精通中国国情和内部事务。如果没有他们的鼓吹与煽动，甲午战后列强瓜分中国的阴谋与行动或许不会那么严重。正是在这样一种背景下，中国人民反对传教士和外国教会的斗争在甲午战后便进入新的历史阶段，反对教会与传教士的局部斗争便自然地与反对列强瓜分中国的斗争紧密结合起来。
就战后中国各地遭受外国侵略、蹂躏的程度来说，山东的情况似乎更严重。山东人民不仅在战争中遭受日本侵略之苦，而且在战后深受列强瓜分之害。德国于1897年强行占领胶州湾后，便开始把山东视为自己的势力范围，视为自己的殖民地，他们在山东境内大肆修筑铁路，开采矿山，强占民田民房，破坏水道坟茔，给山东人民尤其是铁路沿线的居民带来了沉重灾难与痛苦。特别是按照中德双方达成的修筑铁路相关协议，明确规定占用当地居民的土地应该给予相应的补偿和优待，但在实际上这些被占土地的农民根本得不到补偿，或者得到的补偿非常少，这势必引起被占土地的大量农民强烈不满，引发一系列突发事件。按照中德双方约定，一旦发生这些突发事件，亦应由中国地方官府从重惩办，如罪而止，并没有德国派兵听其围剿平息的明文。然而由于中国政府特别是地方政府行政效率太过低下，当这些突发事件爆发后，地方政府往往反应迟钝，制止不力，甚至有纵容民间社会向德国殖民当局闹事之嫌。于是久而久之，德国殖民当局根本不顾忌中德双方先前达成的谅解，一旦某地发生骚乱，殖民当局往往绕开中国地方政府，迅速派兵直接镇压，结果虽然将这些以反对强占自己土地为主要宗旨的骚乱镇压下去了，但无疑激起了山东民众对德国人极端霸道的反感。
为了平息民怨，参与处理这些纠纷的山东地方官吏曾向清政府提出过很好的建议，希望由政府出面协调与德国殖民当局的关系，维持原条约中的约定，但凡租借地界外发生纠纷，仍归中国地方当局处理，以免各方争论不休而起纷争。然而这样的建议或不被清廷所重视，或不被德国人所接受，结果矛盾越积越深，局部抗争逐步演化成大规模武装反抗。侵占瓜分山东的不只是德国，其他国家也试图在山东建立自己的势力范围。甲午战后，威海卫被日本军队占领达三年之久，之后又被英国强行租借。英国还强行圈占文登、荣城等县，逼迫农民交粮完税。山东在沦为德、英、日等国殖民地后，社会经济遭到严重破坏，南北大运河运输业因外国资本垄断的沿海航运业迅速发展而急剧衰落，过去凭借运河之利得以谋生的船夫、挑夫、搬运工等在高效率低成本运输工具运输手段冲击下大批失业，四处流浪。
人祸之外是天灾。山东地区自1895年起不知何故天灾频仍，黄河连年决口，受灾面积达五十州县。1899年，黄河流域又遇到历史上罕见的大旱，山东境内饥荒严重，饥民遍地，流民遍野。人们流离失所，社会动荡不安。处在饥饿、死亡线上的人们最容易被感化，最容易被煽动。正是在这种情况下，秘密结社义旗一张，便立即得到广大农村民众积极响应，并最终演化成声势浩大的群体骚动。骚动的主体就是那些民间秘密结社，他们在下层社会盘根错节世代相沿，拥有巨大势力和复杂网络。他们的活动隐现起伏，直接反映政治统治秩序治乱兴衰。一般来说，在政治统治比较巩固时期，这些民间秘密结社的活动比较萧条；反之，当外患严重或统治秩序比较无序时，民间秘密结社就比较活跃。
综合各种文献记载，1895—1899年间在北方地区的秘密结社至少存在着武圣教（金丹道支派）、如意教（儒门教）、大刀会、红拳、义和拳、诀字、红门、弥勒教、梅花拳、铁布衫、金钟罩、红灯照、八卦教、离卦教、黄洋教、在理教、混元门、六合拳、圣贤道、一炷香、白莲教、江湖会、仁义会、红枪会、天地会、哥老会等。如果从人员构成进行分析，这些教门结社的主体主要是游离在传统农业社会经济结构之外的社会成分，如和尚、道士、拳师、术士、游勇、流民、民间艺人（如耍猴的、架鹰的、耍武把式的）等。他们浪迹江湖，见多识广；行踪诡秘，飘忽无常；身无所有，勇于反抗。故而在社会动荡期，他们往往充当反抗官府活动的急先锋或组织者角色。
至于这里说到的义和拳，其来源复杂，演变曲折。1899年，时任吴桥县令的劳乃宣根据有清一代有关白莲教的上谕、奏疏等相关资料，著有《义和拳教门源流考》，认定义和拳乃十九世纪初信奉太平盛世说的白莲教的一个重要教派。劳氏这一看法影响很大，许多研究者接受了这一看法，认定义和拳起源与这一以反朝廷为主旨的民间秘密组织有关。不过，后来有些研究者似乎并不完全认同这一看法，或以为义和拳源于一种由官方提倡和主导以勤王为目的的民团组织，即担负着村庄防卫功能的民团；或以为大刀会和神拳在整个华北的骚乱中扮演着重要角色，但直鲁边界地区的义和拳是这次民众运动的主要来源；或以为义和拳的兴起和传播主要是因为鲁西地区特殊的文化环境，最具有核心作用的是其具有标志性仪式，即民间艺人中那些耍武把式的人所表现出的“刀枪不入”和“降神附体”。这种仪式易于接受，又与其本身来自华北农村的文化和风俗习惯息息相关。
综合各家研究可以看出，后来的义和团成分比较复杂，其组织构成并不仅仅以白莲教为主，而是以金钟罩（大刀会）、义和拳（梅花拳）、神拳、红拳等为核心。这些拳会在十八世纪末即已成为秘密教门羽翼。至1899年华北骚乱初起，以刘士端为首的大刀会或称金钟罩及红拳会，已与坎卦教、离卦教相融混；赵三多为首的梅花拳改名为义和拳，后又改称为“神助义和拳”，也与教门相结合；以朱红灯为首的神拳亦以离卦教为依托，显然也具有教门特征。他们不是一般的拳会，实系分属或结合于以八卦教为主体而区分为文武场的“拳教”组织。这些拳教组织往往通过揭帖、坛谕、传言等方式，宣扬民间宗教的所谓“劫变”观念，宣称义和拳是顺应天意，拯救劫难，有神佛保护的团体，以此作为动员群众、组织群众、扩大影响的工具和手段。他们在习拳练武外，兼习法术，举行各种具有明显荒诞特征的宗教仪式，渲染各种所谓刀枪不入的超凡超自然本领。尽管这些手段在吸引群众、鼓舞士气、提高战斗力方面起过重要作用，但其非理性色彩自然比较容易受到具有一定文化水准的知识分子质疑，因而他们除了能够愚弄农村广大农民外，很少能够获得知识分子的认同。
作为广大农村中下层群众的自发斗争，义和拳、大刀会等民间秘密结社不可能产生明确的政治诉求和政治理想。他们之所以坚决反对外国教会，除洋教士、土教民的不法行为、为非作歹激怒了他们外，就信仰层面而言，显然是西方基督教观念与中国传统宗教观念之间的冲突，是本土文化面对外来强势文化的压迫而采取的一种非理性政治动员和政治斗争。他们充其量不过是中国民间自发的“反西方思潮与势力”而已，他们要想形成一股真正意义上的反西方思潮与势力，就必须与官方意志相结合，否则根本不足以影响大局。而官方的反西方思潮与势力在戊戌新政结束后也确实在萌动。戊戌年的政治变动特别是慈禧太后重新出园训政，大清王朝在政治上确实走上了一个“变法维新的反动时期”，凡新政中所提出或实行的举措，几乎一概废除。而新政的基本价值趋向是学西方，所以这一政治上的反动便在价值取向上无疑鼓励、纵容了各种各样的反西方思潮和势力，启发了国内莫名其妙的民族主义情绪。
强烈的排外意识是戊戌后社会各界的基本共识，那时朝野似乎一致厌恶西方反对西方，最上者如慈禧太后，她虽然是近代中国比较早认识西方近代发展实质意义的领导人，但在戊戌后出于最实际利益的考量也使她对西方的看法发生了变化，她不明白她那样执着地劝说中国人学习西方，西方为什么还那样与她过不去？大清王朝已明白宣示戊戌年间的政治变动主要是因为康有为、梁启超等人犯上作乱，而西方诸国根本不相信大清王朝的郑重宣示，反而听信康、梁的妖言，鼓励、支持康、梁等人肆意攻击诋毁我天朝上国。慈禧太后无论如何不能理解西方社会的价值取向和民意，这是她在戊戌后一下变成了西方文明反对者的根本原因之一。
慈禧太后的变化深刻影响了朝中大臣和一般士绅，曾经参与过新政的那些大臣已在政变后受到相应处分，而现任大臣或原本就不满意于戊戌年间的政治改革，或因太后态度转而对西方文明比较反感。他们过去或许一度仰慕赞美过西方文明，但他们实在弄不明白西方何以总是欺负这个中国学生，总是跟中国过不去。他们感到西方人和西方国家之所以支持中国政治变革，可能与他们的总体阴谋有关，那就是防止中国真的强大，阻止中国发展，乃至彻底搞垮中国，进而将中国沦为他们的殖民地。
正是基于这样一种很复杂的心理，所以当一些朝中大臣发现义和拳也具有反西方的倾向时，自然显得很亲近，一改大清王朝对民间秘密结社素来镇压的严厉姿态，采取容忍或视而不见，听任这些秘密结社做大。对于官方反西方的思想动向，这些秘密结社从自身处境中很容易感受出来。知恩图报是中国人的传统，于是在清政府的容忍默许下，逐渐做大的秘密结社投桃报李，适时提出“扶清灭洋”的政治口号。庚子前中国的两股反西方思潮和势力终于走到一起了，义和拳、大刀会以及其他一些神拳组织很快便被“运动”到那个后来叫做“义和团”的组织中去了。
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