最初，元世祖忽必烈对赵显母子还算礼遇，将赵显封为瀛国公，忽必烈对赵显最初的印象不错，甚至将公主嫁给他。似乎赵显的一生虽然因为失去皇位而遗憾，但能在优渥安宁的生活中渡过一生，也算是亡国之君不幸之中的万幸。
然而，事与愿违。民国史学家孟森认为：元朝统治的一大缺憾是马上打天下，马上治天下，没有能够更好的管理广阔中原地区的政治经验，由此导致了大大小小的反元斗争此伏彼起，而且很多的起义都是打着宋朝赵家的旗号。
随着赵显的一天天长大，过去那个天真无邪的小孩子，逐渐成长为一个成年男人，忽必烈对他的戒心越来越重，这种猜疑终于在一个点爆发了。也许是日有所思，夜有所梦，一天夜里，忽必烈被噩梦惊醒。在梦里，他看到一条金龙缠绕在宫殿的柱子上，向他张牙舞爪。第二天，赵显来朝觐，恰好就站在忽必烈梦里金龙缠绕的柱子下，忽必烈感到事情非常严重，想要杀掉赵显，以绝后患。
正当忽必烈向自己亲近的臣下商量这件事时，公主和赵显知道了这个消息，公主连夜痛哭流涕，苦求忽必烈放过赵显，赵显自己也非常害怕，于是以退为进，乞求忽必烈允许他出家，因为担心自己在汉地的影响，赵显主动要求去西藏做喇嘛，专心学习佛法，如此，忽必烈才放过赵显。
至元二十五年(1288年)，赵显当了喇嘛，他的母亲也出家为尼，赵显从此专心研读各种藏传佛教经文，凭借聪慧的天赋与勤奋的努力，赵显很快掌握了藏文，逐渐成长为一位佛法精深的上师，他翻译注解了《因明入正理论》、《百法明门经》等著名藏传佛教经典，被尊称为合尊法师，甚至还曾被推举为萨迦寺的主持。
赵显有一个儿子，名叫赵完普，在赵完普很小的时候，赵显便让它剃度出家，历史似乎在这里可以结束了，然而这并不是这位末代皇帝的最终命运。元英宗至治三年(1323年)，赵显已经53岁了。一天，他想到几十年来，自己身份从皇帝到喇嘛的巨大反差，感慨万千，作诗一首：
寄语林和靖，梅花几度开？
黄金台下客，应是不归来。
这首诗很快被监视赵显的人汇报到朝廷，于是不久赵显被赐死，至于赵显的儿子则继续做喇嘛。
在元朝最后一任皇帝元顺帝时，中原地区的农民起义风起云涌，更加频繁激烈，很多义军都打着宋朝赵姓皇族的旗号，这再次引起了元朝政府深深的担忧，元廷害怕赵显的儿子赵完普即使是喇嘛，如果落到起义军手里，成为精神领袖，那对自己的统治大大不利，因此，至正九年(1349年)五月，元顺帝下令，将赵完普以及亲属都迁徙到偏僻的甘肃沙洲安置，严禁他们与任何人随便交往。
在《皇明本纪》中，隐晦的记载了赵显这系子孙的最终命运。一天夜里，赵显的舅舅吴泾全，梦见二个僧人来见他。其中一个僧人说：“我是您的外甥啊，我们父子无罪，却被元廷杀害，准备诉诸于上天，舅舅资助些纸笔吧。”说完洒泪而去，从此，史籍中再无他们的任何记载。
与赵显相关还有一个传奇经历，元朝最后一任皇帝——元顺帝脱欢帖睦尔，其实是赵显的亲儿子，据说，在西北地区当喇嘛期间，赵显身边有一位容貌美丽的妻子罕禄鲁氏。
有一次，赵显经过朔北扎颜这个地方，正好当时的周王，也就是后来的元明帝和世瓎，被谪配此地，赵显与罕禄鲁氏一同前去拜见。元明帝见罕禄鲁氏容颜秀美十分喜欢，便留在身边做了小妾，罕禄鲁氏此时已有身孕，在嫁给元明帝后不久，生下一个男孩，这个孩子就是后来的元顺帝。
还有一则更有神话色彩的传说是这样讲述的：元明帝在朔北时与赵显关系不错，经常交往。一天清晨，明帝经过赵显居住的佛寺，突然看到佛寺上空出现了龙形的五彩花纹，非常惊讶。明帝便去询问赵显，寺里新添了什么奇珍异宝。赵显回答：“没有什么宝贝，只是刚出生了一个男孩。”不久前，明帝的儿子刚刚夭折，当时没有孩子，感觉这个男孩身世不凡，于是将他收养为自己的儿子。
关于赵显与元顺帝的血缘关系真伪难定，有人认为赵显既然已经出家，怎么可能还有妻子，这点好解释，因为藏传佛教与汉地的佛教不同，藏传佛教中的一些派别是可以娶妻生子的。元朝时，藏传佛教中势力最强的宁玛派就是这样的派别，所以赵显娶妻生长都是可能的。至于元顺帝的血统，不由得让人想起成吉思汗的长子术赤的血统之谜，成吉思汗的妻子被蔑儿乞人抢走，后来成吉思汗将蔑儿乞人击败，重新抢回妻子，在回军的路上，长子术赤就出生了，成吉思汗自己也怀疑长子的血统，起名“术赤”汉文意思为“客人”，术赤长大后，虽然屡立战功，但是一直因为血统的原因，被自己的父亲、兄弟怀疑，封国也距离蒙古草原本部最为遥远，年仅40岁抑郁而终。
元顺帝也有类似的经历，顺帝的亲叔叔元文帝就公开否定他的皇族血统，起初，元文帝准备确定自己哥哥明帝的儿子为储君，论礼法应该是当时的长子元顺帝为太子，可是顺帝的乳母告密说：明帝生前经常说，顺帝不是他的亲生儿子。因此，元文帝将顺帝，发配到高丽，把他独自羁留在大青岛中，整整一年，不允许外人接触。
之后，文帝诏告天下：明帝在西北的时候，经常说顺帝不是他的儿子，并将顺帝再次发配到广西静江，元文帝去世后，元顺帝的弟弟懿璘质班先做了皇帝，不久懿璘质班早夭，才由顺帝继位。顺帝继位后谈起自己身世，说的有些暧昧：“我自己的家事，你们外人怎么知道呢？”
顺帝的血统之谜，还有另外一则旁证，明永乐十五年五月十八日，在武英门，明成祖朱棣和众大臣一起观赏宋朝诸位皇帝的画像。朱棣笑着说：“宋太祖以下，虽然都是胡羊鼻，但气质清癯，像太医啊。”第二天，朱棣又来到武英门，观看元朝诸位皇帝的画像，朱棣看到元朝皇帝个个魁伟雄迈，笑着说：“都是吃绵羊肉的啊。”等看到元顺帝的画像，朱棣回头对群臣说：“为什么只有他这么像个太医呢。”
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