1、芥菜疙瘩能生吃，但芥菜疙瘩尝起来又苦又苦，所以一般不建议生吃。
2、芥菜疙瘩中含有丰富的营养物质，如纤维素、维生素、碳水化合物等，即便未经腌制也不含有毒、有害物质，焯水后凉拌、清炒等方式烹饪后能吃，一般不会影响对营养成分的吸收、利用。而腌制后的芥菜疙瘩，可以延长保存时间，改善口味，但腌制过程中需加入超量的盐，盐摄入过多可能诱发高血压、肾脏损害等，增加发生心脑血管意外的风险。且腌制过程中可能产生亚硝酸盐等有害物质，芥菜疙瘩中的营养成分也会有所流失，吃了之后对机体健康并无太大益处。
3、此外，由于芥菜疙瘩中含有的硫代葡萄糖苷水解后会形成芥子油，可对胃肠道产生刺激，不可吃太多。特别是既往有胃溃疡、胃炎等胃肠疾病者，容易加重机体不适，严重时可引发胃绞痛、胃穿孔、胃出血等症状。
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