首先，有机鸡蛋在烹饪前最好用清水冲洗外壳。这是因为有机鸡蛋外壳易粘有鸡粪，在加工过程中，尤其是半熟状态的鸡蛋可能被鸡粪中的沙门氏菌污染，成为传播沙门氏菌病的祸首。
其次，煮熟了再吃。有机鸡蛋要加热至蛋黄和蛋清均完全凝固后才能保证安全。煮有机鸡蛋时间过长和过短都不好，最好的做法是：将鸡蛋洗净后，放在盛水的锅内浸泡一分钟，用小火烧开。开后改用文火煮8分钟即可。值得注意的是，有机鸡蛋的烧煮时间不宜过长，否则蛋黄中的亚铁离子会与硫离子产生化学反应，形成硫化亚铁的褐色沉淀，妨碍人体对铁的吸收。
另外，很多人都习惯将鲜蛋带壳煮熟或蒸熟后，放到冷水中散热，这样一来可以降温，二来有利于剥壳时离皮。但是有机鸡蛋被加热后，那层阻止细菌通过的蛋壳膜却被破坏，这样便使蛋壳通气孔不再对细菌有阻挡作用，于是细菌极易趁机侵入蛋内。
正确的方法是有机鸡蛋在煮制的过程中，加入少量食盐，食盐既可以杀菌解毒，又能同样使蛋壳膜和蛋清膜之间因收缩程度不同而形成一定的空隙，使蛋壳较易剥离。
